L'organizzazione del CPIA è diretta dal Dirigente scolastico coadiuvato dallo staff di direzione e dal Direttore dei servizi generali e amministrativi il quale coordina gli uffici composti da assistenti amministrativi e tecnici e l'area ausiliaria. L'organo politico e di governo è rappresentato dal Commissario. Gli organi collegiali sono responsabili della organizzazione didattica.
